Pro mnoho uživatelů jsou USB klíče ideálním prostředkem: USB klíče jsou malé, levné a nabízejí spoustu úložného prostoru. Není divu, že se vypaluje stále méně CD a DVD. Ale pokud jde o formátování USB flash disku, je třeba vzít v úvahu několik věcí
Zpravidla byste měli formátovat USB flash disky pomocí systému souborů FAT32: Tento systém souborů nerozpoznávají pouze systémy Windows 7, Windows Vista a Windows XP, ale také počítače s Mac OS X a Linux.
Háček s FAT32 však je, že soubor nemůže být větší než 4 gigabajty. I když je tuto překážku poměrně obtížné přeskočit a snadno obejít, další nedostatek je mnohem významnější: USB flash disky mohou mít maximální úložnou kapacitu 32 gigabajtů, pokud mají být formátovány pomocí FAT32. USB klíče s úložnou kapacitou více než 32 gigabajtů jsou v současné době stále relativně drahé, ale ceny stále klesají, takže byste měli mít na paměti tuto velikostní hranici.
ExFAT nemá žádná omezení velikosti souborů ani obecné úložné kapacity USB flash disku: Microsoft představil tento souborový systém s Windows 7, takže ExFAT je standardně podporován pouze Windows 7. Na druhou stranu pod Windows Vista potřebujete aktualizaci Service Pack 1, s níž je upgradována podpora ExFAT. Společnost Microsoft vydala samostatnou aktualizaci pro systém Windows XP, takže jako systém souborů lze použít USB flash disky s ExFAT: http://support.microsoft.com/kb/955704
Na druhou stranu bychom zcela nedoporučovali FAT: Tento souborový systém je nyní zastaralý, takže byste jej již neměli používat. NTFS má také řadu nevýhod, protože systémy s operačním systémem Mac OS X mohou takové USB disky obecně číst, ale nemohou do nich zapisovat soubory.
